巴西海关事务由财政部下属的联邦税务总局负责。

　　巴西海关的主要职责包括：制定和执行海关政策，监督检查外贸法规的执行情况；征收关税；实施进口货物事后稽查；实施海关监管制度；组织反倾销调查；实施知识产权边境保护和对货币进出境进行监管等。

　　联邦税务总局国务秘书（副部级）是海关最高领导人，1名副国务秘书分管海关事务。全国税务与海关分为10个纳税区，有的管理海关事务，有的没有海关事务。

　　联邦税务总局系统共有25000人，其中海关人员有3947人（管理人员2310人、技术人员1637人）。除在联邦税务与海关总局负责海关事务的人员79人外，其他人员分布在全国59个内陆口岸、56个边境保税（区）仓、94个港口和29个机场免税店、29个快件监管场所。全国共有502个海关监管点。如，在内陆口岸阿那坡里斯有2名海关人员，桑托斯海关有325人。

　　根据联邦税务与海关总局制定的海关条例，所有货物的报关程序均需通过“巴西外贸网”(SISCOMEX)进行。货物申报单在该网立案之日起即为报关程序的开始，该网正式通知货物通关授权之日起即为报关程序的结束。申请者通过该网可随时在电脑上查看报关程序的进展情况。

　　巴西海关对报关进出口货物实行抽检的方式，即按照绿色、黄色、红色三种不同颜色的通道分类处理。
　　1、绿色通道，即报关货物可全部免检，并自动通关。约有64%的进口货物、80%的出口货物通过这一通道报关进出口；
　　2、黄色通道，即仅检查报关文件，经核实后，货物自动通关。约有17.3%的进口货物、19%的出口货物通过这一通道报关进出口；
　　3、红色通道，即报关文件和货物均需经过检查后方能通关。约有18.2%的进口货物、1%的出口货物通过这一通道报关进出口。另外，进口货物还有灰色通道，即产品经过容许后才能订货和报关进口，约占进口货物总量的0.5%。