经过近一年的侦查，6月17日，台湾高雄地方法院检察署宣布将高雄港务局局长谢明辉等官员，以及长荣、阳明、万海、日邮、美国总统轮船公司等航运商高层，一共46人以诈欺、贪渎、伪造文书等罪嫌起诉，并要求法院对涉案官员从重量刑或处以适当刑责。根据起诉书内容显示，高雄港务局为了提升货柜吞吐量，三年前制定了“货柜增长奖励措施”，鼓励员工拉拢航商争取业绩。员工为了争取绩效，变相勾结包括阳明、美国总统公司(APL)、台湾日邮公司、万海等航商，虚报货柜营运量，制作假绩效，共同诈领约三亿三千万（新台币，下同）的奖金。据检方称，部分航商已经将其所涉嫌诈领的1亿多元新台币奖励金缴回，但此事仍严重损害了台湾与高雄港的形象和声誉。

　　据台湾媒体报道，高雄港务局制定了为期三年的“货柜量成长奖励措施”，包括货柜装卸量成长奖励金、6万吨以上货柜轮碇泊费打六折等措施。港务局内部也有绩效奖金，鼓励员工拉拢航商。只要航商的货柜装卸量超过与港务局所约定的目标量，则每增加1万TEU(即20尺标准货柜)，即可免除管理费与码头租金新台币300万元。

　　台检调人员指出，高雄港务局为获取集装箱装卸量较好的世界排名，与航商勾结虚报装卸量。造假至少三年，若航商造假造得太离谱，“港务局”官员还会主动修正，是“典型共犯结构型的集体舞弊”。据了解，调查发现，高雄港每座码头每年装卸量极限是45万TEU。航商为配合“港务局”造假，竟然申报70万TEU，“港务局”人员担心被拆穿，主动帮忙更改。另外，高雄港受制于码头水深、腹地不足等因素，集装箱装卸量最大极限是994万TEU，而“港务局”官员竟夸称高雄港已是突破1000万TEU的大港，还大肆庆祝发奖金。根据检方调查，高雄港2006年及2007年的实际货柜装卸量，分别仅有931.7万TEU及972万TEU，但在2006年虚假增报了45.6万TEU，2007年更虚假增报53.6万TEU，使2007年高雄港账面上所公布货柜量突破1000万TEU，达到1025万TEU，营造出一片成长的荣景。其后，高雄港务局向前述五家航商发放了计约3.3亿新台币的奖励金。

　　曾风光一时高雄港作为台湾最大的国际港口，承担着全台一半以上的货运吞吐量，以及74%的货柜装卸量。营运绩效和吞吐量排名，一向被视作是台湾景气和经贸地位变化的重要指标之一。此前，高雄港曾在1996年至1999年间，稳居全球第三大货柜港的地位；然而在2000年被韩国釜山港超越之后，排名就一路走跌。2000年退到第四，2003年第五，去年掉到第12名，首次跌出10大。