尽管港口整合能带来如此多的利益，但实际操作中，整合方与被整合方并不是一直站在相同的利益起跑线上，这成为港口业整合中面临的一大难题。
　　
　　在大连港对锦州港的收购中，收购方大连港即遭遇这样的困境。
　　
　　在渤海湾北部区域，以沈阳为核心的经济圈中，拥有大连、锦州及营口三大港口，而渤海南部的青岛港及天津港则是区域内的重量级竞争对手，谁能把握住环渤海地区的煤炭、铁矿石、原油等物资的中转，谁就将在占领区域资源中占得先机。 

　　在这一背景下，大连港有意着手整合区域内港口资源。
　　
　　而锦州港2006年由于外贸货源不足，导致其外贸油品和外贸粮食货源量严重下滑，主营业务收入及利润同比都有所下降。在发展方向上，锦州港如果能与大连港结盟将对其经营产生促进作用。
　　
　　“从全局来看，环渤海湾港口资源的整合有利于整个区域港口的健康发展。”大连港集团一位高层此前表示，整合区域内港口的观点早已得到了辽宁省政府的支持，薄熙来在出任辽宁省省长时曾经提出过成立辽宁省港口集团的设想，由此将省内的港口资源整合。但由于各方利益难以协调，这一想法最终未能实施。大连港集团副总经理卢建民在去年也曾表示，有关收购锦州港的想法，大连港在决策层面上完全没有问题。
　　
　　然而，在大连港着手举牌锦州港后，锦州港方面却如临大敌。收购进程由于锦州港的股权过度分散而搁浅后，锦州港又通过修改公司章程，设置了诸多条款，加大了收购方对公司的控制难度。
　　
　　锦州港没有接过大连港抛来的橄榄枝，除了令大连港区域整合战略暂停外，更是加大了大连港整合营口港的难度。而如果大连无法整合这两大港口，其在辽东半岛的霸主地位放到环渤海地区，就没有丝毫竞争力了。但就目前来说，两港整合难度之大，使其无法在短时间内取得突破。
　　
　　此外，地方利益问题也是港口业整合中面临的另一个难题。分析师表示，几乎每个中小型港口都有地方政府及地方利益参与其间，每个港口都是当地的“宝贝疙瘩”，对地方的税收、经济拉动都有相当的分量，跨区域整合将导致税收、经营控制权等问题上的矛盾。
　　
　　不过，在经济利益的刺激下、同业竞争的压力下，国内港口资源的整合已经成为势不可挡的潮流，尽管有着这样或那样的阻力，最终将难改历史发展的方向。[物流天下]