8月1日开始全面推行的交通运输业和部分现代服务业“营改增”，已经对中国国际货物运输代理服务业产生严重影响，进而推升了中国航运成本，并导致国际贸易结算地大量外迁。
　　根据财政部和国家税务总局发布的财税〔2013〕37号文，在全国范围内开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的同时，取消了上海试点方案（财税〔2011〕111号）中国际货物运输代理服务差额计算销售额（以下简称差额纳税）的规定。
　　按照新规，货代企业的绝大部分收入无法取得增值税专用发票，需要全额纳税。一方面，国际货代企业绝大多数收入属于代收转付收费和代垫杂费（运费、港口使费、装卸费、海关、商检费等），占业务成本的比重平均超过80%。根据国际惯例，国际货代企业给客户开具的是包含上述费用的一揽子全额发票。另一方面，上游国际运输企业从事国际货物运输服务享受免税或零税率政策，运费无法提供增值税专用发票。海关、商检等行政事业性收费因未纳入增值税链条，开具的行政事业性收据无法抵扣。
　　根据中国物流与采购联合会（CFLP）的最新调查，8月1日以来，国际货代业税负大幅增加，原本微利的国际货代业已经出现全行业亏损局面。据测算，行业大型企业应缴增值税增幅超过200%。
　　国际货代业的税负也在向上游国际航运业传导，进而推动国际航运企业纷纷上调运费，抬高了中国的国际航运成本，进而直接抬高了中国进出口贸易的成本。据了解，8月1日以后，马士基等跨国航运企业已经提高运费6%以上，中国航运企业成本压力大增，未来也有参照提价的可能。
　　CFLP研究指出，对国际货代业包括国际运费的收入全额征税，实际上是在代理环节补征了国际运输环节的税收，与目前实行的国际运输零税率政策严重矛盾，不利于国家鼓励和引导国际航运中心建设。
　　为规避税负增加的风险，国际贸易结算地也在大量外迁。8月1日以来，出口贸易CIF（离岸价格，含成本、运费、保险）结算业务量出现大幅下滑。据CFLP典型调查，中国一些大型航运企业出口贸易预付箱量比重下滑了15%左右，一些外向型地区的企业甚至下滑50%以上，并且还有急剧扩大的趋势。
　　国际贸易结算地外迁，导致国际货代业务大量转移到国外的代理企业，而国外代理企业又会更多地选择国外的航运企业合作。
　　CFLP在发给国税总局的函中明确指出，长期来看，经过多年发展起来的中国国际货代行业将全行业消失，原本已步履维艰的中国航运企业也将遭受重创。这不仅导致税源流失，还严重影响中国本已弱势的航运服务贸易的市场份额，对国家经济安全也将产生不利影响。
　　CFLP建议国税总局，对于在中国境内的单位和个人提供的国际货物运输代理服务免征增值税。