1998年，海关总署党组作出了《关于建立现代海关制度的决定》，勾勒出现代海关制度的基本框架，提出了建立现代海关制度两步走发展战略：用5年时间，在全国海关初步建立起现代海关制度的基本框架，然后再用5年左右的时间，到2010年前，建成比较完善的现代海关制度。
　　
　　自1998年至2002年的5年间，全国海关认真贯彻邓小平理论和“三个代表”重要思想，确立并坚持“依法行政，为国把关，服务经济，促进发展”海关工作方针；以通关作业改革为中心环节和突破口，大力推进海关信息化建设，全面改革海关业务制度，对通关模式、作业流程、资源配置等进行了全面改革，基本实现了中国海关通关管理的“四肢协调”；坚持从严治关，大力加强海关队伍正规化建设。第一步发展战略的主要目标基本实现，现代海关制度初具规模。
　　
　　2003年初，根据海关工作面临的新形势和新要求，海关总署党组提出全面建设现代化海关、实现建立现代海关制度的第二步发展战略目标。2004年4月，中国海关正式启动实施《2004－2010现代海关制度第二步发展战略规划》，以建立健全风险管理机制为中心环节，努力建设“耳聪目明”的智能型海关，各项改革和建设不断取得新的成果。
　　
　　2006年，为深入贯彻中央提出的科学发展观和构建社会主义和谐社会等重大战略思想，全面落实《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》，海关总署制定了《海关贯彻国家“十一五”规划实施纲要》，并对《2004－2010现代海关制度第二步发展战略规划》进行修订，形成了本规划。

　　一、形势和要求
　　新世纪新阶段，国际局势继续发生深刻而复杂的变化，和平、发展、合作成为时代潮流。世界多极化趋势深入发展，国际环境复杂多变，单极还是多极的斗争依然是世界各种力量较量的主线。经济全球化趋势深入发展，国际经济竞争依然深刻复杂。国际间经济贸易往来日益扩大，世界经济逐步回升。全球产业结构调整步伐加快，区域经济和双边经济合作更加活跃。贸易保护主义进一步抬头，更加广泛的国际合作和更为激烈的国际竞争同时并存。科技进步日新月异，科技创新成果应用和推广加速，尤其是现代信息技术的迅猛发展，正在改变国际贸易的成交、运输和管理方式。国际间货物、资金、信息、服务及人员的跨国界流动进一步扩大，传统和非传统安全威胁的因素不断增多。国际社会更加看重我国的作用和影响。
　　
　　在国内，我国已进入改革发展的关键时期。国民经济继续保持平稳较快发展的势头，经济结构调整步伐加快。经济体制改革向纵深推进，社会主义市场经济体制逐步完善。行政管理体制改革不断深化，各级政府更加注重履行社会管理和公共服务职能。我国加入世贸组织后，在更大范围、更广领域和更高层次上参与国际经济技术合作和竞争，对外贸易进一步扩大，贸易结构不断优化，吸引外资规模持续增长，与东盟、东亚等国的区域经济合作进程加快，同香港、澳门经贸关系更加紧密。同时，外贸增长方式粗放、进出口不平衡、贸易摩擦等问题更加凸显，对外经济发展及其对国内经济影响的不确定和不可控因素增加。随着经济体制深刻变革，社会结构深刻变动，利益格局深刻调整，思想观念深刻变化，构建社会主义和谐社会被摆在更加突出的地位。
　　
　　20世纪80年代以来，从西方发达国家开始，兴起了一场世界性的政府改革运动以及随之而来的国际海关现代化浪潮。WTO、WCO等国际组织日益重视全球贸易安全与便利。WCO先后修订了《京都公约》，制定了《全球贸易安全与便利标准框架》，全面规范海关制度和标准做法。海关面临反恐、维护社会稳定、协助解决国际贸易争端等非传统职能不断增加的挑战；欧美等发达国家不断强化贸易安全，相继推出了“集装箱安全倡议（CSI）”、“海关－商界反恐伙伴关系计划（C－TPAT）”、“特大型港口计划”、“安全智能贸易航线试点计划”等。各国海关纷纷制定发展战略规划、修订海关法规、实施机构重组、调整人力资源配置、改革业务制度、拓展管理资源、推进信息化应用；同时广泛应用风险分析、信用管理、绩效考核和海关稽查等先进管理方法和技术。海关改革出现“四个转变”的趋势，即：管理理念从“行政主导”向“客户导向”转变；管理对象从以物为主向物和人并重转变；管理方法从单一模式向分类管理转变；管理方式从各自为战向广泛合作转变。
　　
　　 “十一五”是全面建设小康社会的关键时期，也是我国海关现代化建设的关键时期，海关工作面临着各种考验和挑战，“要求更高、难度更大、任务更重”是海关工作长期面临的基本形势。海关业务量高速增长和管理资源相对缺乏的矛盾日益突出；以建立健全风险管理机制为中心环节的各项改革进入攻坚阶段，深化改革、整合创新更加艰巨、复杂；以海关税收为“轴心”的各项业务工作任务更加繁重，同时面临履行传统职能和新增职能的双重挑战；海关实行关衔制度，对全面开展准军事化海关纪律部队建设提出更高要求，等等。
　　
　　根据国际国内形势和国际海关现代化发展趋势，中国海关必须坚持用发展的眼光、发展的方法解决发展中的问题，抓住机遇，与时俱进，准确把握海关工作在社会主义现代化建设中的历史方位；必须着眼全局，迎接挑战，高质量地完成税收、打私等各项任务，维护公平有序的进出口环境，保护国家政治、经济和社会安全；必须居安思危，更新观念，转变管理职能，改革管理制度，创新管理技术和手段，深入推进海关现代化建设，全面贯彻落实党中央、国务院对海关工作提出的“政治坚强、业务过硬、值得信赖”和“海关对内要为人民服务、对外要展示国家形象”的要求。

　　二、指导思想和基本原则
　　（一）指导思想。
　　
　　以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻科学发展观和构建社会主义和谐社会等重大战略思想，认真落实党的路线方针政策和党中央、国务院对海关工作的指示，始终坚持“依法行政，为国把关，服务经济，促进发展”海关工作16字方针和“政治坚强、业务过硬、值得信赖”海关队伍建设12字要求，树立和落实科学的治关理念，准确把握把关与服务的平衡点，坚持以建立健全风险管理机制为中心环节，并以建立健全风险管理机制统筹海关各项改革，以构建综合治税大格局统筹海关业务工作，以建设准军事化海关纪律部队统筹海关队伍建设，全面推进和谐海关建设，努力建设智能型海关，为高质量地完成党和人民交给的各项任务、促进我国经济社会又好又快发展、把我国建设成为富强民主文明和谐的社会主义现代化国家作出更大的贡献。
　　
　　（二）基本原则。
　　
　　全面建设现代化海关，实现现代海关制度第二步发展战略目标，必须始终遵循以下基本原则：
　　
　　1．坚持科学治关。
　　 科学治关是海关工作贯彻落实科学发展观和构建社会主义和谐社会重大战略思想的具体体现。科学发展观和构建社会主义和谐社会的重大战略思想是指导经济社会发展的世界观和方法论，必须贯穿现代海关制度第二步发展战略全过程，并以此审视和检验海关各项工作，准确把握把关与服务的平衡点，确保对外贸易安全与便利，不断增强海关工作的针对性、有效性。
　　
　　 2．坚持依法行政。
　　 依法行政是海关贯彻实施依法治国方略、提高海关行政管理水平、实现海关管理现代化的根本要求。海关无论是履行职责任务、维护国家利益，还是深化改革、促进经济发展，都必须始终坚持依法行政，做到有法可依，有法必依，执法必严，违法必究。
　　
　　 3．坚持守法便利。
　　 守法便利是海关促进贸易便利、提高执法水平的必然要求。市场经济是法制经济、诚信经济，必须大力规范企业进出口行为，引导企业诚信守法，维护企业合法权益，为守法者提供最大的便利，对违法者依法惩戒，营造健康有序的进出口环境。
　　
　　 4．坚持综合治理。
　　 综合治理是在完善社会主义市场经济体制过程中，有效履行海关职能的正确方法。海关工作在垂直管理体制下必须紧紧依靠各地党政、有关部门和社会各界，积极争取广大进出口企业的支持和合作，实现海关外部和谐。
　　
　　 5．坚持以人为本。
　　 全面推进海关现代化建设，关键在人。必须尊重人、培养人、教育人和关心人，充分调动广大关员的积极性、主动性和创造性，营造良好、健康的人际关系，始终坚持执法为民，切实尊重和维护管理相对人的合法权益，形成平等友爱、融洽和谐的海关人文环境。
　　
　　 6．坚持整合创新。
　　 改革是创新，整合也是创新。必须着眼于海关改革和建设全局，进一步整合海关信息资源、科技资源、人力资源和财力资源，努力扩大改革的综合效应，有效解决制约海关事业科学发展的深层次矛盾和问题。